新幹線　E3系
秋田新幹線開業用として登場した形式で、新在直通新幹線の2代目車両となります。 1999年には山形新幹線の新庄延伸に伴い、1000番台が登場。山形新幹線での運用も開始しました。 2008年には400系置換え用の2000番台が登場し、2010年に400系をすべて置き換えました。2000番台では前面形状が若干変更になったほか、各席に電源コンセントが設置されています。 なお、秋田新幹線用の0番台は老朽化のため、2014年3月をもって秋田新幹線での営業運転を終了、現在は臨時列車等で使用されています。一部編成は「とれいゆ　つばさ」に改造されています。山形新幹線用の車両は現在塗装変更が行われてます。

N700系 7000番台
		E3系では最終増備車となった2000番台。山形新幹線で使用されています。 3編成しかない1000番台とは共通運用で、コンセント付きの車両が来るかどうかは運次第。
		山形新幹線の観光列車「とれいゆ　つばさ」で使用される700番台。 秋田新幹線用だったR18編成からの改造で、バーカウンターや足湯を設置しています。 福島−新庄間で運行されています。
		秋田新幹線で使用されていた0番台。 当初5両編成で営業運転を開始しましたが、需要増のため1両増結し、6両編成で運転されていました。 E6系へ置き換えられたため、2014年3月改正をもって秋田新幹線の運用から撤退し、大半の編成は廃車されましたが、車齢の浅い編成は、山形新幹線用に転用されたり、「とれいゆ　つばさ」「現美新幹線」に改造されたり、E5系の付属編成扱いとして使用されています。
		0番台のうち、量産先行車のR1編成は、先頭部の形状が他の編成と異なっていました。 前照灯と尾灯は運転台上部に設置、尾灯のみが下部に設置され、若干丸みの強い形状になっています。